故事设定在前作的五年后，乐高小人艾米特的生活再次面临了危机，这一次是因为神秘外星入侵者的突然降临。这些外星人将布里克斯堡变成了一片废墟，给城市带来了末日般的景象。在这场入侵中，大多数市民都变得坚强，但艾米特依然积极乐观，充满希望。然而，一位外星人军队的首领，名叫梅亨将军，宣布了一个令人震惊的要求：西斯塔星球的女王希望嫁给蝙蝠侠，以实现两个世界的和平。为了达成这一目标，蝙蝠侠、露西、本尼、胡须钢和独角猫被绑架，这一切的背后，隐藏着更大的阴谋。