影片开始于《四大名捕2》的结尾，当无情离开后，冷血为了探查捕神的死因而回到了六扇门，整个“四大名捕”团队也因此陷入了分崩离析的境地。然而，故事远未结束。在皇宫内，出现了一系列的动荡和混乱，皇帝失踪，而皇宫内部的权力斗争变得愈演愈烈。作为帝王的宋徽宗执意出访，却在途中遭受刺杀，皇位岌岌可危。他不得不求助于神侯府，这一决定也将引发一系列的阴谋和危机。