2016年，日本的首都圈发生了一场前所未见的灾难，一种巨大而神秘的现象，被称为"ccc"，降临在这个地区。这一现象出现后，已经过去了数月，但其本质仍然没有被完全解明。人们将这个神秘的现象称为"Phenomenon"，然而，Phenomenon到底是什么，仍然没有确凿的答案最令人不安的是，Phenomenon的出现伴随着一系列可怕的事件。那些被Phenomenon吸收的人们开始失去理智，陷入疯狂，甚至相互残杀。这种异常的现象让人们感到恐慌和困惑。为了应对这一威胁，日本政府迅速行动，组建了一支特殊部队，他们被称为"扩张少女系三重奏"。这支特殊部队隶属于总务省情报管理厅，其任务是对抗Phenomenon并解决这一神秘事件。