《是，大臣 第二季》讲述了在野党影子内阁成员吉姆·哈克在帮助本党大选获胜后，获得行政事务部（DAA）部长的职务。从此，他面对着以部秘书汉弗莱·阿普比爵士为首的公务员体系，而他的公派私人秘书伯纳德则夹在两者之间。在哈克所代表的政治势力与阿普比代表的官僚体系之间，因施政而引发了各种冲突。两人的关系也随之不断发生变化，既有互相合作的时候，也有互相揭露对方的底细。